Peptidische Proteinmimetika zum sequenzspezifischen Knicken von DNA

Bei der Integration des ?-Phagen in das Genom vom Escherichia coli spielen zwei Proteine sowie zwei attachment sites innerhalb der Genome beider Organismen eine wichtige Rolle. Die Phage exprimiert die Integrase E. coli den notwendigen integration host factor IHF der an die drei Bindungsseiten (H1, H2, H¿) der attachment site der Phage(attP) bindet. Der dreidimensionale Aufbau des IHF-Heterodimers aus den beiden Untereinheiten a und ß kann grob in zwei Teile gegliedert werden. Im Zentrum des Proteins befindet sich ein überwiegend helicaler kompakter Teil der eine Vielzahl an basischen Aminosäuren wie Arginin und Lysin enthält die im Komplex mit DNA zur Ladungskompensation beitragen. Hieraus erstrecken sich zwei ß-Faltblätter die sich entlang der kleinen Furche des DNA- Doppelstranges winden. An der Spitze jedes Ausläufers interkaliert ein Pro-linrest in den DNA Basenstapel, woraus je ein 90°-Knick resultiert. Die Synthese von IHFa-Mimetika basiert auf der peptidischen Imitation des zentralen Teils sowie des ß-Faltblatt-Ausläufers. Alle Mimetika weisen im Wesentlichen diese beiden Grundbausteine in Form kleiner Peptideinheiten auf.