Genomics in the Cloud: Using Docker, Gatk, and Wdl in Terra
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Beschreibung
"Genomics in the Cloud: Using Docker, GATK, and WDL in Terra" von Brian D. O'Connor ist ein praxisorientiertes Buch, das sich mit der Durchführung und Verwaltung genomischer Analysen in cloudbasierten Umgebungen beschäftigt. Es bietet eine Einführung in die Nutzung moderner Technologien wie Docker für Containerisierung, das Genome Analysis Toolkit (GATK) für die Verarbeitung genomischer Daten und die Workflow Description Language (WDL) zur Spezifikation von Analysepipelines. Das Buch führt den Leser durch die Implementierung dieser Tools auf der Terra-Plattform, einer kollaborativen Umgebung für die biomedizinische Forschung. Ziel ist es, Forschern zu helfen, effizientere und reproduzierbare genomische Analysen durchzuführen sowie komplexe Workflows zu automatisieren. Durch praktische Beispiele und detaillierte Anleitungen wird gezeigt, wie man die Herausforderungen der Skalierbarkeit und Reproduzierbarkeit in der Genomik bewältigen kann.
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